La "ceguera" regional de la UE se ha relacionado con la lectura dominante del principio de autonomía institucional o constitucional según el caul cada Estado miembro es libre de organizarse como decida siempre que acate sus obligaciones comunitarias, sin que las instituciones comunitarias tengan ninguna potestad de interpelación respecto de dicha organizacióne statal. Los argumentos que pretendían justificar posibles incumplimientos de derecho comunitario por parte de los EM sobre la base de su compleja estructura constitucional interna se han venido rechazando con un anclaje en el corolario de este principio de autonomía constitucional, los principios de personalidad y responsabilidad de los Estados en derecho internacional: es todo el Estado quien resulta responsable por el incumplimiento imputable a cualquiera de sus órganos.

Esta ceguera inicial se ha transformado por vía jurisprudencial, sin esperar a la entrada en vigor del Tratado de Lisboa, en una creciente sensibilidad hacia las entidades infra-estatales, especialmente hacia las regiones constitucionalmente autónomas, lo cual ha provocado una nueva lectura del principio de autonomía institucional o constitucional. En la nueva concepción, la UE respeta la organización constitucional de los EM, incluida la autonomía regional o local, y precisamente para poder respetarla se ve obligada a "verla". Esta sensibilidad hacia la diversidad interna requiere por parte de las instituciones comunitarias una actitud de reconocimiento y respeto, y por parte de las regiones constitucionalmente autónomas una actitud de lealtad comunitaria: respeto del derecho comunitario, no discriminación…

Al imponer a la Unión el respeto de "la igualdad de los Estados miembros ante los Tratados así como de su identidad nacional, inherente a las estructuras fundamentales políticas y constitucionales de éstos, también en lo referente a la autonomía local y regional", el Tratado de Lisboa puede conducir al reconocimiento de un nuevo status o instituto europeo: el status de "regiones constitucionales autónomas", una nueva formulación del status especial que en su día reivindicara para ciertas regiones europeas Alain Lamassoure.