El gobierno josefino y bonapartista instaurado tras la dominación francesa en Gipuzkoa va a ir paulatinamente alterando en profundidad las instituciones forales de la misma, hasta hacer desaparecer las Juntas al prohibirse su convocatoria, y las Diputaciones al ser suprimidas en 1810. El Gobierno de Bizkaia, bajo el General Thouvenot, acabará por crear un entramado de instituciones políticas tales que transformará enormemente el sistema vigente en el Antiguo Régimen. El posterior gobierno de la Regencia contribuirá también a la modificación institucional de la Provincia que, aunque logre recuperar sus instituciones fundamentales,  Juntas y Diputaciones, habrá de asumir los presupuestos de la Constitución de 1812, hasta que la vuelta de Fernando VII le permita recuperar enteramente las instituciones de que gozaba en 1808, especialmente a partir de la confirmación de sus fueros en 1814.